Các học sinh Học viện Ninjutsu trở về sau kỳ nghỉ hè và được biết rằng do một trong những sai lầm của Komatsuda, tất cả bài tập về nhà mùa hè của họ đã bị lẫn lộn. Kết quả là Kisanta, người đã nhận được một nhiệm vụ dành cho năm thứ sáu, đã mất tích sau khi cố gắng lẻn vào Lâu đài Oomagatoki để đánh cắp fundoshi của lãnh chúa của họ. Một nhóm bao gồm Shinbei và Kirimaru được cử đến để giải cứu anh ta, nhưng vì Oomagatoki đang có chiến tranh với Lâu đài Tasogaredoki nên đây có thể là một nhiệm vụ khó khăn.

Cùng lúc đó, Học viện Ninjutsu nhận được yêu cầu hỗ trợ từ một ngôi làng đang gặp khó khăn bởi chiến tranh, Rantarou cùng các học sinh và giáo viên còn lại đến đó để giúp đỡ.